微生物发酵饲料的价值已被众多饲料及养殖企业认可，但在使用上仍存在许多问题，合理的避开这些问题能使微生物发酵饲料的品质逐步提升，将更好的为养殖业的健康和可持续性发展提供强有力的保障。

1、问题

在发酵饲料的过程中容易受污染，存在很多的安全隐患，因此，建立健全行业检测标准和方法显得十分必要，目前想要好的价廉的发酵饲料，还有待研发出一些自动化程度高规模大的固体发酵设备。

2、菌种问题

目前我国允许使用的微生物菌种不能满足发酵饲料的要求，因此需要选育一些性能优良并且无害的微生物菌种，并且使用技术指导，使发酵饲料产品质量保障，降低成本，微生物发酵饲料中的活菌质量不稳定，容易失活，因此，还要找出适合的保存运输微生物发酵饲料的方法有重要的实践意义。

3、安全问题

饲料在发酵的过程中，微生物区系平衡被打破后，益生菌在特定情况下有可能会转变为病原菌，如乳酸杆菌引起的临床感染。因此发酵饲料的使用应充分考虑动物、消费者以及环境等因素安全方面的问题，经过严格的科学试验确认其无害后才能推广应用。

4、选择问题

由于各种微生物饲料的菌种组合以及饲喂方法的不同，要针对不同的动物选用不同种类的微生物发酵饲料，养殖企业在选择微生物发酵饲料时应充分考虑动物种类，生理阶段，饲养条件和使用目的等因素，来确保每类产品都有明确的使用对象。

菌种的搭配尤为关键，不同的动物肠道****要搭配不同的菌种才能更有效的让益生菌在动物体内发挥更有效的作用。

结论：微生物发酵饲料作为一种新型饲料添加剂，来源广泛，资源丰富，通过微生物发酵工艺将农业废弃物转化为有用的产品，有效的降低环境污染，解决人畜争粮问题。微生物发酵饲料市场前景广阔，近年来应用科学，发酵工程等相关学科的飞速发展，为微生物发酵饲料的发展提供了良好的理论基础。换言之，微生物发酵饲料在将来的推广应用会越来越科学化，普遍化，会为广大养殖者们带来理想的经济效益，使用微生物发酵饲料会是养殖行业的发展趋势。