发酵蛋白在水产上了较好的应用，主要有以下几个方面的作用：

1．促进了所养鱼虾对饲料的消化、吸收，发酵饲料是在各种分解酶、多种微生物活菌的作用下把动物不能吸收的高分子碳水化合物转化成可吸收的低分子碳水化合物即能量饲料。

2．发酵饲料的多种微生物活菌能大量吸收动物难以利用的有机氮、无机氮，使之转化成为多种菌体蛋白质即蛋白饲料，显著增加了饲料营养成分，降低了饲料成本。

3．多种微生物活菌在发酵中能产生大量蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素分解酶、B族维生素和维生素A、D，多种微生物活菌在动物体内建立起微生态平衡，增强了免疫力。

4．改善了饲料的适口性，使得所养鱼虾采食量和采食速度拥有提高。

5．由于水产养殖的特殊性，多种有益菌在投放到水体中改善了水体环境，加快了水中有毒有害物的转化，促进了鱼虾的生长。

水产养殖动物长期生活在水中，受环境因素的影响较大，接触到有害菌的机会也多。在鱼虾肠道内建立一个良性循环的微生物系统，是抵御病原性感染的有效方式之一。