生物发酵中药在疾病治疗中的应用主要包括以下几个方面：

提高药效：发酵中药通过微生物的生长代谢活动，将中药中的大分子物质分解转化成为能够被直接吸收的有效小分子物质，从而提高了中药的生物利用度和疗效。

降低毒副作用：发酵过程可以分解中药中的毒性成分，减少毒副作用，让药物更加安全。

调整肠道菌群：发酵中药可以促进肠道健康，提高肠黏膜免疫，调整肠道菌群平衡。

防治慢性结肠炎：发酵中药可以用于治疗慢性结肠炎等疾病，其更好的药效让患者能够更快地恢复健康。

防治猪呼吸道疾病：发酵中药组合物在止咳化痰方面具有优异的疗效，可以有效预防和治疗猪呼吸道疾病。

改善瘤胃和肠道功能：在养殖业中，发酵中药可以作为抗生素的替代品，具有无毒副作用、无耐药性、无残留、成本低效果显著等特点，可以改善瘤胃和肠道功能。

提高养殖效益：发酵中药可以提高产蛋率，增强免疫力，保肝护肾，修复肠道粘膜，延长产蛋高峰期，改善蛋壳质量，增加蛋重，提高种禽的受精率，恢复因为疾病原因导致的产蛋量下滑，提高免疫力和抗病力，有效预防各种病毒病的发生，调节肠道菌群平衡，改善肠道系统，增加肠道有益菌群，提高饲料转换率，节约饲料成本，改善养殖环境，减少动物圈舍粪臭和氨气味，减少呼吸道疾病、肠道疾病发生，节省用药成本。

治疗多种疾病：发酵中药可以用于治疗多种疾病，如各种疼痛、周围性面瘫、中风、失眠、月经病、带状疱疹及其后遗神经痛、胃肠疾病等。

保健食品与饮料：发酵中药可以应用于保健食品与饮料领域，提供健康和营养。

饲料及动保产品：发酵中药可以应用于饲料及动保产品，提高动物的健康和生产力。